W ramach synodu pracuje Komisja Główna, wspierana przez Sekretariat Synodu. Na podstawie refleksji nad syntezami parafialnymi Ksiądz Arcybiskup powołał 18 czerwca 2024 r. pięć komisji synodalnych i mianował ich przewodniczących. Zadaniem komisji będzie opracowanie odpowiedzi na problemy opisane w syntezach parafialnych i tematycznych. Nad poprawnością i jakością prac czuwają Komisja Teologiczna i Komisja Prawna.
